Sébastien Avril a commencé ses études musicales à Sainte Anne d'Auray, en tant qu'élève chanteur des chœurs de la maîtrise, et en tant qu'élève organiste de l'école d'orgue du Morbihan. En orgue, il y a été successivement l'élève de Pascal Marsault, Véronique le Guen et Michel Jézo.

Il a poursuivi son apprentissage dans la classe d'orgue de Damien Simon, au Conservatoire Régional de Rennes, ainsi que dans les classes d'écriture et de musique ancienne, puis s'est perfectionné auprès de François Espinasse et Liesbeth Schlumberger au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Lyon (CNSMDL). Il y a aussi approfondi sa pratique des claviers anciens, de la basse continue et de l'accompagnement, de l'improvisation solo et collective, activités qu'il poursuit aujourd'hui aux côtés de l'interprétation et de la composition.

De son enfance maîtrisienne, il en retient un attachement particulier à la liturgie créative, qui s'est concrétisée dès le lycée en une activité intense d'organiste liturgique, d'abord à Sainte Anne d'Auray, puis à Rennes et à Lyon, et actuellement à Paris, principalement à la paroisse Sainte Marie des Batignolles (17e).

Parallèlement à son activité musicale, Sébastien Avril a également poursuivi des études d'art graphiques. Il est illustrateur diplômé de l'école Pivaut (Nantes). Cette double compétence artistique spécifique l'amène à collaborer avec des plasticiens en tant que dessinateur assistant, ainsi qu'avec des facteurs d'orgue en tant que designer de buffets d'instruments.